職務発明の対価については、使用者等にとっての予測可能性を高めるとともに、発明評価に対する従業者等にとっての納得感を高めることで研究開発意欲を喚起する必要があります。また、この対価には、使用者等の経営環境や研究開発戦略等、業種や使用者等によって異なる諸事情に加え、研究開発の内容・環境の充実度や自由度、処遇を含めた評価など、それぞれの従業者等が置かれた状況を柔軟に反映することが許容されるべきだと考えます。

　このため、対価の決定は、原則として両当事者間の「自主的な取決め」にゆだねることが適切であると考えます。すなわち、契約、勤務規則その他の定めにおいて職務発明に係る権利の承継等の対価について定めている場合には、その定めたところによる対価を「相当の対価」とすることを原則とします。

　ただし、使用者等と従業者等との立場の相違に起因して不合理な対価の決定がなされる場合も考えられます。このため、職務発明に係る権利の承継等の対価について、「自主的な取決め」にゆだねることが妥当でない場合もあり得ます。

　そこで、「自主的な取決め」にゆだねることができるような環境や条件が整備されていない場合には、そのような状況下で契約、勤務規則その他の定めにおいて対価について定められたとしても、それを尊重することとはしないこととしています。すなわち、その取り決めたところにより対価を支払うことが不合理と認められる場合には、従来の職務発明制度と同様に、一定の要素を考慮して算定される対価を「相当の対価」としています。

　なお、使用者等と従業者等との間の自主的な取決めを出来る限り尊重し、法が過剰に介入することを防止する観点から、不合理と認められるか否かは、自主的な取決めから対価の支払までの全過程のうち、特に手続的な要素、具体的には使用者等と従業者等との間の協議の状況などを重視して判断することとしています。これにより、使用者等と従業者等による十分な話合いが促されるものと考えられます。

　これまでの制度においては、勤務規則等（使用者等があらかじめ定める勤務規則その他の定め）において職務発明に係る対価が定められていた場合であっても、裁判所が旧特許法第３５条第４項に基づいて算定する対価の額が「相当の対価」であるとされていました。

　これに対し、新しい職務発明制度においては、契約、勤務規則その他の定めにおいて職務発明に係る対価について定める場合に、その定めたところにより対価を支払うことが不合理と認められない限り、その対価がそのまま「相当の対価」として認められることとなります。これが最も大きく異なる点です。
また、新しい職務発明制度においても、契約、勤務規則その他の定めにおいて対価について定めていない場合や、定めてはいるが定めたところにより対価を支払うことが不合理と認められる場合には、これまでの制度と同様に、その発明により使用者等が受けるべき利益の額等を考慮して「相当の対価」の額が定められることとなります。